Cài đặt BioPython
Để cài đặt gói BioPython, bạn cần thực hiện các bước sau
Bước 1. Mở CMD [dấu nhắc lệnh] trên windows hoặc terminal đối với hệ điều hành macOS hoặc Linux.
Bước 2. Viết lệnh. pip cài đặt biopython và nhấn enter để gọi hàm pip.
Bước 3. Để xác minh xem gói BioPython đã được cài đặt thành công hay chưa, hãy mở chương trình IDLE là trình thông dịch tích hợp sẵn trong ngôn ngữ lập trình Python.
Bước 4. Nhập lệnh. từ sinh học. seq nhập seq và chạy nó.
Bước 5. Nếu không có lỗi sau khi chạy lệnh có nghĩa là BioPython đã được cài đặt thành công và sẵn sàng hoạt động.
Bước 6. Mở Visual Code hoặc Jupyter Notebook và viết lệnh. sinh học. seq nhập seq và thực hiện nó.
Bước 7 . Nếu nó không hiển thị lỗi khi thực thi, điều đó có nghĩa là mô-đun của bạn đã sẵn sàng và bạn có thể bắt đầu làm việc với nó.
Trước hết, tại dấu nhắc MAC, tôi đã thử cài đặt BioPython như trong PDF hướng dẫn. Trong khi làm điều này, tôi có một thông báo nói rằng tôi phải cài đặt Numpy trước, vì vậy tôi thực hiện việc này
Khi cài đặt Numpy, nó nói với tôi rằng tôi cần phải có Python 2. 6 trên MAC của tôi [tôi đã có 2. 7], vì vậy tôi truy cập trang web Python và tải xuống phiên bản này và thử cài đặt nó
Khi tôi có Python 2. 6 trên máy tính của tôi, tôi chạy trình cài đặt numpy cho MAC mà không gặp bất kỳ sự cố nào [ít nhất là bất kỳ sự cố nào mà tôi có thể thấy], vì vậy tôi quay lại cài đặt BioPython, nghĩ rằng nó sẽ hoạt động, nhưng thay vào đó, nó nói với tôi rằng tôi
Tôi có thể làm gì?
Cảm ơn rất nhiều
Thiên thân Miguel
trăn sinh học • 7. 1 nghìn lượt xemTHÊM NHẬN XÉT • liên kết được cập nhật 3 tháng trước bởi Ram 37k • được viết 10. 5 năm trước bởi elmagodelabahia ▴ 60
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Cám ơn rất nhiều
Tôi sẽ thử cả hai và sau đó tôi sẽ viết lại cho bạn
Tôi hy vọng tôi không có bất kỳ vấn đề nữa
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 10. 5 năm trước bởi elmagodelabahia ▴ 60
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Mỗi phiên bản Python trên máy của bạn [e. g. Trăn 2. 6 và 2. 7] sẽ có các thư viện riêng
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 10. 5 năm trước bởi Peter 6. 0k
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Xin chào,
Tôi gặp vấn đề tương tự, đang vật lộn với việc cài đặt biopython. Nó có vẻ ổn, nhưng khi nó bao gồm các mô-đun từ nó, thì nó bắt đầu cho tôi biết không tìm thấy mô-đun 'Bio'. Sau đó, tôi bắt đầu làm theo các hướng dẫn được đưa ra trong bài đăng này, nhưng tôi không thể cài đặt MacPorts, thông báo cho biết
Could not find a version that satisfies the requirement MacPorts [from versions: ]
No matching distribution found for MacPorts |
Tôi biết gì, có lời khuyên nào khác hoặc thúc giục phải làm gì không?
THÊM TRẢ LỜI • liên kết được cập nhật 3 tháng trước bởi Ram 37k • được viết 7. 1 năm trước bởi mcolic • 0
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Bạn có thể vui lòng cho chúng tôi biết thêm về hệ thống của bạn? . ]
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 7. 1 năm trước bởi glihm ▴ 650
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Xin chào,
Tôi gặp vấn đề tương tự, đang vật lộn với việc cài đặt biopython. Nó có vẻ ổn, nhưng khi nó bao gồm các mô-đun từ nó, thì nó bắt đầu cho tôi biết không tìm thấy mô-đun 'Bio'. Sau đó, tôi bắt đầu làm theo các hướng dẫn được đưa ra trong bài đăng này, nhưng tôi không thể cài đặt MacPorts, thông báo cho biết
Could not find a version that satisfies the requirement MacPorts [from versions: ]
No matching distribution found for MacPorts |
Tôi biết gì, có lời khuyên nào khác hoặc thúc giục phải làm gì không?
THÊM TRẢ LỜI • liên kết được cập nhật 3 tháng trước bởi Ram 37k • được viết 7. 1 năm trước bởi mcolic • 0
3
Vào chế độ chỉnh sửa
10. 5 năm trước
Sức mạnh của Zach ▴ 340
Tôi khuyên bạn nên cài đặt qua MacPorts. Sau khi cài đặt, bạn chỉ cần làm
sudo port install py27-biopython
#for python2.7 or below for python 2.6
sudo port install py26-biopython
những điều này sẽ nhận được tất cả các phụ thuộc và sẽ tránh mọi sự cố 32 bit 64 bit tiềm ẩn mà bạn có thể gặp phải khi biên dịch Numpy
THÊM NHẬN XÉT • liên kết được cập nhật 3 tháng trước bởi Ram 37k • được viết 10. 5 năm trước bởi Zach Powers ▴ 340
1
Vào chế độ chỉnh sửa
MacPorts là thứ đã hoạt động với tôi cách đây một thời gian - nhân tiện, nếu tường lửa của tổ chức bạn chặn rsync như của chúng tôi, bạn có thể cần xem câu hỏi 1. 12 ở đây. https. //trac. macports. org/wiki/Câu hỏi thường gặp
THÊM TRẢ LỜI • liên kết được cập nhật 3 tháng trước bởi Ram 37k • được viết 10. 5 năm trước bởi Cliff Beall ▴ 450
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Trong khi tôi đang đợi Enth think Python trả lời tôi, tôi đã thử cài đặt nó qua MacPorts, nhưng tôi lại gặp sự cố. Có vẻ như trình cài đặt không tìm thấy một số tệp. Đầu tiên, nó nói với tôi rằng Xcode dường như chưa được cài đặt và sau đó, tại cửa sổ đầu cuối, tôi nhận được điều này
Computing dependencies for py27-biopythonError: Unable to execute port: can't read "build.cmd": Failed to locate 'make' in path: '/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/bin:/sbin:/usr/bin:/usr/sbin' or at its MacPorts configuration time location, did you move it?
Bạn có biết chuyện gì đang xảy ra không?
Cảm ơn rất nhiều lần nữa
THÊM TRẢ LỜI • liên kết được cập nhật 3 tháng trước bởi Ram 37k • được viết 10. 5 năm trước bởi elmagodelabahia ▴ 60
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Trong khi tôi đang đợi Enth think Python trả lời tôi, tôi đã thử cài đặt nó qua MacPorts, nhưng tôi lại gặp sự cố. Có vẻ như trình cài đặt không tìm thấy một số tệp. Đầu tiên, nó nói với tôi rằng Xcode dường như chưa được cài đặt và sau đó, tại cửa sổ đầu cuối, tôi nhận được điều này
Computing dependencies for py27-biopythonError: Unable to execute port: can't read "build.cmd": Failed to locate 'make' in path: '/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/bin:/sbin:/usr/bin:/usr/sbin' or at its MacPorts configuration time location, did you move it?
Bạn có biết chuyện gì đang xảy ra không?
Cảm ơn rất nhiều lần nữa
THÊM TRẢ LỜI • liên kết được cập nhật 3 tháng trước bởi Ram 37k • được viết 10. 5 năm trước bởi elmagodelabahia ▴ 60
2
Vào chế độ chỉnh sửa
10. 5 năm trước
elmagodelabahia ▴ 60
Cuối cùng tôi đã nhận được nó
Tôi đã phải cài đặt Xcode [có vẻ như không dễ dàng vì phiên bản MAC OS X của tôi]
Sau đó, tôi đã cài đặt MacPorts và làm theo những gì Zach Powers bảo tôi làm
Đáng lẽ tôi phải hoàn thành nhưng tôi chưa làm, vì vậy sau khi thực hiện tất cả những điều này, tôi đã chạy cài đặt theo cách mà biopython nói rằng nó phải như vậy, điều đó có nghĩa là đang thực hiện
python setup.py build
python setup.py install
python setup.py test
khi tôi đã chuyển vào thư mục của BioPython trong máy tính của mình
Và đó là nó
Cảm ơn rất nhiều
THÊM NHẬN XÉT • liên kết được cập nhật 3 tháng trước bởi Ram 37k • được viết 10. 5 năm trước bởi elmagodelabahia ▴ 60
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Có, cài đặt Xcode thường là liên kết bị thiếu. Trong trường hợp của tôi, tôi phải tải xuống từ trang web của Mac, cài đặt rồi cài đặt các công cụ dòng lệnh từ thanh menu Xcode [chứa trình biên dịch C gcc]