Và Biopython Doc với Chương 11 dành riêng cho PDB. http. // sinh học. org/DIST/tài liệu/hướng dẫn/Hướng dẫn. html#htoc159
0. ] Tải xuống cấu trúc PDB [dưới dạng. tập tin ent]
from Bio.PDB import * pdbl = PDBList[] # recruts the retrieval class pdbl.retrieve_pdb_file['[PDB-code]']
HOẶC từ dòng lệnh [cũng như. tập tin ent]
python PDBList.py [PDB-code]
1. ] Phân tích tệp PDB trong
from Bio.PDB import PDBParser parser = PDBParser[] # recruts the parsing class structure = parser.get_structure['[name]','[.pdb/.ent-file]']
Ngoài ra, các định dạng tệp khác có thể được phân tích cú pháp. g. mmCIF với MMCIFarser[]
2. ] Tổ chức các tệp PDB
Các cấu trúc PDB được nhập dưới dạng đối tượng cấu trúc được tổ chức theo cái gọi là định dạng SMCRA [Cấu trúc/Mô hình/Chuỗi/Dư lượng/Nguyên tử]
Tôi đang cố phân tích tệp PDB và cũng đang cố trích xuất một số đối tượng Model, Chain, Residue và Atom bằng Biopython. Tôi đã thử đoạn mã sau
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
parser=PDBParser[]
structure=parser.get_structure["test", "1fat.pdb"]
model=structure[0]
chain=model["A"]
residue=chain[1]
File "", line 1, in
residue = chain[[' ', 1, ' ']]
File "C:\Python27\lib\site-packages\Bio\PDB\Chain.py", line 67, in __getitem__
return Entity.__getitem__[self, id]
File "C:\Python27\lib\site-packages\Bio\PDB\Entity.py", line 38, in __getitem__
return self.child_dict[id]
KeyError: [' ', 1, ' ']
THÊM NHẬN XÉT • liên kết đã cập nhật 11. 1 năm trước bởi Aurobhima ▴ 100 • đã viết 11. 1 năm trước bởi Mkl ▴ 100
2
Vào chế độ chỉnh sửa
Đó có phải là mã hoàn chỉnh không?
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11. 1 năm trước bởi Peter 6. 0k
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Tôi vừa tự kiểm tra mã, Hoạt động hoàn toàn tốt, tôi cũng gặp lỗi chuỗi không liên tục
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11. 1 năm trước bởi Harpalss ▴ 310
0
Vào chế độ chỉnh sửa
@peter Tôi đang sử dụng biopython 1. 57
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11. 1 năm trước bởi Mkl ▴ 100
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Bạn có thể cập nhật Biopython của mình không, bản phát hành hiện tại là 1. 58
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11. 1 năm trước bởi Peter 6. 0k
2
Vào chế độ chỉnh sửa
10. 8 năm trước
Cực quang ▴ 100
bạn cần đảm bảo rằng phần còn lại mà bạn đang cố lấy thực sự được dán nhãn 1. những gì tôi làm khi tôi muốn thứ gì đó từ cấu trúc PDB là
from Bio import PDB
parser= PDBParser[]
structure=parser.get_structure["test", "1fat.pdb"]
model=structure[0]
chain = model['A']
residue_list = Selection.unfold_entities[chain, 'R']
Bây giờ bạn có danh sách đầy đủ các dư lượng trong chuỗi bạn đã chỉ định
sau đó bạn có thể chỉ định rằng bạn muốn phần còn lại đầu tiên trong danh sách
my_residue= residue_list[0]
GHI CHÚ. Không có gì lạ khi trong quá trình kết tinh, các đầu N và C của cấu trúc đã bị phân cắt. Việc đánh số phần còn lại sẽ nhất quán với cách đánh số phần còn lại mà bạn thấy trong tệp PDB. để kiểm tra những dư lượng bạn đã thử
Một thẻ đã tồn tại với tên chi nhánh được cung cấp. Nhiều lệnh Git chấp nhận cả tên thẻ và tên nhánh, vì vậy việc tạo nhánh này có thể gây ra hành vi không mong muốn. Bạn có chắc chắn muốn tạo nhánh này không?
Một thẻ đã tồn tại với tên chi nhánh được cung cấp. Nhiều lệnh Git chấp nhận cả tên thẻ và tên nhánh, vì vậy việc tạo nhánh này có thể gây ra hành vi không mong muốn. Bạn có chắc chắn muốn tạo nhánh này không?
Nếu chúng tôi tái tạo lại protein từ tệp PDB, liệu có đủ tệp PDB hay chúng tôi cần thêm thông tin bên ngoài PDB?
Lấy ví dụ, khung BioPython. Nếu cần bất kỳ thông tin nào bên ngoài tệp PDB, thì khung này sẽ lưu trữ chúng ở đâu?
Tôi có thể mở và kiểm tra xem các tệp đó không?
protein pdb python biopython • 825 lượt xemTHÊM NHẬN XÉT • liên kết được cập nhật 11 ngày trước bởi Ram 37k • được viết 11 ngày trước bởi < user366312 ▴ 10
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Bạn có ý nghĩa gì khi 'xây dựng lại'? . Nếu tệp PDB không chứa thông tin, biopython không thể thực sự biết nó [trừ khi bạn gọi một số công cụ xử lý khác, sau đó lưu trữ thông tin đó trong thông số PDB]
Có một số loại 'plugin' cho phép bạn xem các cấu trúc PDB, nhưng đây thường là những công cụ riêng biệt mà biopython tình cờ để lộ API cho
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11 ngày trước bởi Joe 20k
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Tái tạo có nghĩa là tôi muốn đọc các tệp PDB và tạo một loại protein dữ liệu trừu tượng sẽ bắt chước protein trong thế giới thực, ngoại trừ liên kết H
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11 ngày trước bởi người dùng366312 ▴ 10
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Có lẽ tôi hơi chậm ở đây, nhưng tôi không nghĩ điều đó thực sự trả lời câu hỏi. Bắt chước theo cách nào?
Bạn có thể đại diện cho nó theo cách bạn muốn, tùy thuộc vào những gì bạn muốn làm với nó theo cách 'chính xác'
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11 ngày trước bởi Joe 20k
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Bạn đã được yêu cầu hết lần này đến lần khác là không được đăng chéo nhưng bạn vẫn tiếp tục làm như vậy. Bạn có thể vui lòng dừng lại?
- https. // tin sinh học. giao dịch cổ phiếu. com/câu hỏi/20065/nơi-làm-biopython-lưu-thông-tin-liên-quan-đến-phân-tử-hóa-khác nhau
- https. // stackoverflow. com/câu hỏi/74548722/where-does-biopython-store-thông tin-liên quan-đến-phân-tử-hóa-khác nhau
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11 ngày trước bởi Ram 37k
0
Vào chế độ chỉnh sửa
tôi không quan tâm. Những trang web đó không thuộc sở hữu của Biostar. Vì vậy, hoặc trả lời hoặc ngừng kiểm soát
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11 ngày trước bởi người dùng366312 ▴ 10
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Chừng nào bạn còn tuân theo những nghi thức xấu, tôi sẽ tiếp tục chỉ ra điều đó. Lần sau khi bạn đăng chéo, bài đăng của bạn trên biostars sẽ bị xóa và tài khoản của bạn sẽ bị treo
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11 ngày trước bởi Ram 37k
0
Vào chế độ chỉnh sửa
tôi thực sự không quan tâm. Bạn không trả lời câu hỏi của tôi. Vì vậy, bạn không giúp tôi. Bạn chỉ lạm dụng tôi trong khi trị an. Bạn đang làm điều này cho vui
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11 ngày trước bởi người dùng366312 ▴ 10
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Bên cạnh đó, trang web này là trang web ít hữu ích nhất. Bất cứ khi nào tôi đăng câu hỏi, tôi không nhận được câu trả lời hoặc nhận được câu trả lời không liên quan. Hầu hết các câu trả lời được đăng trong diễn đàn này là hoàn toàn vô dụng
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11 ngày trước bởi người dùng366312 ▴ 10
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Ví dụ: ba câu trả lời được đăng trong chủ đề này là hoàn toàn vô dụng
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11 ngày trước bởi người dùng366312 ▴ 10
0
Vào chế độ chỉnh sửa
OK, tạm biệt
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11 ngày trước bởi Ram 37k
0
Vào chế độ chỉnh sửa
11 ngày trước
Jiyao Wang ▴ 280
Tôi không chắc về BioPython. Nhưng đây là hàm JavaScript để xác định liên kết cộng hóa trị "hasCovalentBond[]" tại https. //github. com/ncbi/icn3d/blob/master/src/utils/utilsCls. js. Bán kính cộng hóa trị của nguyên tử "này. cộng hóa trịRadii" có tại https. //github. com/ncbi/icn3d/blob/master/src/utils/parasCls. js
THÊM NHẬN XÉT • liên kết 11 ngày trước bởi Jiyao Wang ▴ 280
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Giả sử tôi muốn đọc các tệp PDB và tạo một loại protein dữ liệu trừu tượng bắt chước protein trong thế giới thực, ngoại trừ liên kết H
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11 ngày trước bởi người dùng366312 ▴ 10
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Cấu trúc dữ liệu phụ thuộc vào trình xem bạn muốn sử dụng
THÊM TRẢ LỜI • liên kết 11 ngày trước bởi Jiyao Wang ▴ 280
0
Vào chế độ chỉnh sửa
11 ngày trước
Wayne ★ 1. 5k
"Lấy ví dụ, khung BioPython. Nếu cần bất kỳ thông tin nào bên ngoài tệp PDB, thì khung này sẽ lưu trữ chúng ở đâu?
Biopython là mã nguồn mở và trên GitHub
- https. //github. com/biopython/biopython/blob/master/Bio/SeqIO/PdbIO. py
- https. //github. com/biopython/biopython/blob/master/Bio/Data/PDBData. py
- https. //github. com/biopython/biopython/blob/master/Bio/PDB/Model. py
- https. //github. com/biopython/biopython/blob/master/Bio/PDB/internal_coords. py
- https. //github. com/biopython/biopython/blob/master/Bio/PDB/PDBIO. py
- https. //github. com/biopython/biopython/blob/master/Bio/PDB/PDBParser. py
Jmol/Jsmol cũng là mã nguồn mở với kho lưu trữ trực tuyến
Jmol/Jsmol. Trình xem tương tác cho các phân tử sinh học ba chiều và cấu trúc hóa học tại SourceForge
Bắt đầu với trang chính của Jmol và FirstGlance trong Jmol để biết tổng quan về các khả năng, ngoài mã