Hướng dẫn python align two sequences - python căn chỉnh hai chuỗi

Trang này mô tả

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

Nội dung chính ShowShow

• Mục tiêu
• Định dạng tệp
• Đầu ra căn chỉnh
• Chuyển đổi định dạng tệp
• Làm cách nào để sắp xếp hai chuỗi Python?
• Làm thế nào để bạn thực hiện nhiều chuỗi liên tục?
• Công cụ nào là tốt nhất cho căn chỉnh nhiều chuỗi?
• Thuật toán nào được sử dụng để căn chỉnh nhiều chuỗi?

Ngoài tài liệu API tích hợp, còn có cả một chương trong hướng dẫn về Bio.alignio, và mặc dù có một số sự chồng chéo, nó cũng đáng đọc ngoài trang này. Ngoài ra còn có tài liệu API (mà bạn có thể đọc trực tuyến hoặc từ bên trong Python với lệnh

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

Mục tiêu

Định dạng tệp

Đầu ra căn chỉnh

Làm cách nào để sắp xếp hai chuỗi Python?

Công cụ nào là tốt nhất cho căn chỉnh nhiều chuỗi?

Thuật toán nào được sử dụng để căn chỉnh nhiều chuỗi?

Định dạng tệp

Đầu ra căn chỉnh

Chuyển đổi định dạng tệp

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

T nổi

Không

Các định dạng căn chỉnh đơn giản/cặp.

fasta

Điều này đề cập đến định dạng tệp đầu vào được giới thiệu cho công cụ Bill Pearson Fasta, trong đó mỗi bản ghi bắt đầu bằng một dòng>>. Lưu ý rằng việc lưu trữ nhiều hơn một căn chỉnh trong định dạng này là mơ hồ. Viết các tệp FASTA với Alignio không thành công trước khi phát hành 1.48 (Bug 2557).

# STOCKHOLM 1.0
#=GS Q7ZVG7_BRARE/37-110  AC Q7ZVG7.1
#=GS Q6X871_SCAAQ/1-77    AC Q6X871.1
#=GS O02676_CROCR/1-77    AC O02676.1
#=GS Q6X869_TENEC/1-77    AC Q6X869.1
#=GS FIBG_HUMAN/40-116    AC P02679.3
#=GS O02689_TAPIN/1-77    AC O02689.1
#=GS O02688_PIG/1-77      AC O02688.1
#=GS O02672_9CETA/1-77    AC O02672.1
#=GS O02682_EQUPR/1-77    AC O02682.1
#=GS Q6X870_CYNVO/1-77    AC Q6X870.1
#=GS FIBG_RAT/40-116      AC P02680.3
#=GS Q6X866_DROAU/1-76    AC Q6X866.1
#=GS O93568_CHICK/40-116  AC O93568.1
#=GS FIBG_XENLA/38-114    AC P17634.1
Q7ZVG7_BRARE/37-110          GFGTYCPTTCGVADYLQRYKPDMDKKLDDMEQDLEEIANLTRGAQDKVVYLK---DSEAQAQKQSPDTYIKKSSNML
Q6X871_SCAAQ/1-77            RFGSYCPTTCGIADFLSTYQATVDKDLQTLEDILSQAENKTMEAKELVKAIQVSYLPEDPARPNRVELATKDSKKMM
O02676_CROCR/1-77            RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTGVXNDLRTLEDLLSGIENKTSEAKELIKSIQVSYNPNEPPKPNTIVSATKDSKKMM
Q6X869_TENEC/1-77            RFGSYCPTTCGIADFLSTYQGSIDKDLQTLEDILNQVENKTXEASELIKSIQVSYNPDEPPRPNMIEGATQKSKKML
FIBG_HUMAN/40-116            RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTKVDKDLQSLEDILHQVENKTSEVKQLIKAIQLTYNPDESSKPNMIDAATLKSRKML
#=GS FIBG_HUMAN/40-116    DR PDB; 1qvh L;14-45
#=GS FIBG_HUMAN/40-116    DR PDB; 1fza C;88-90
#=GS FIBG_HUMAN/40-116    DR PDB; 1fzb C;88-90
#=GS FIBG_HUMAN/40-116    DR PDB; 1fzb F;88-90
#=GS FIBG_HUMAN/40-116    DR PDB; 1qvh I;14-45
#=GS FIBG_HUMAN/40-116    DR PDB; 1fza F;88-90
#=GR FIBG_HUMAN/40-116    SS CCXCXBXXHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX-CC
O02689_TAPIN/1-77            RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTXVDKDLQVLEDILNQAENKTSEAKELIKAIQVRYKPDEPTKPGGIDSATRESKKML
O02688_PIG/1-77              RFGSYCPTMCGIAGFLSTYQNTVEKDLQNLEGILHQVENKTSEARELIKAIQISYNPEDLSKPDRIQSATKESKKML
O02672_9CETA/1-77            RFGSYCPTTCGVADFLSNYQTSVDKDLQNLEGILYQVENKTSEARELVKAIQISYNPDEPSKPNNIESATKNSKRMM
O02682_EQUPR/1-77            RFGSYCPTTCGIADFLSNYQTSVDKDLQDFEDILHRAENQTSEAEQLIQAIRTSYNPDEPPKTGRIDAATRESKKMM
Q6X870_CYNVO/1-77            RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTKVDEDLQNLEDILYRVENRTSEAKELIKAIQVDYNPGEPPKQSVTEGATQNAKKMV
FIBG_RAT/40-116              RFGSYCPTTCGISDFLNSYQTDVDTDLQTLENILQRAENRTTEAKELIKAIQVYYNPDQPPKPGMIEGATQKSKKMV
Q6X866_DROAU/1-76            RFGSYCPTTCGIADFLNKYQTTIDQDLRHMEETLRDIDNKTAESTLLIQKIQIGQTPDPRPQ-NVIGDVTQKSRKMI
O93568_CHICK/40-116          RFGSYCPTTCGIADFFNKYRLTTDGELLEIEGLLQQATNSTGSIEYLIQHIKTIYPSEKQTLPQSIEQLTQKSKKII
#=GS O93568_CHICK/40-116  DR PDB; 1m1j F;14-90
#=GS O93568_CHICK/40-116  DR PDB; 1m1j C;14-90
#=GR O93568_CHICK/40-116  SS CCEEEEE-CCCCCCCCCCCCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHS-SSTT--SS-HHHHHHHHHHHH
FIBG_XENLA/38-114            RFGEYCPTTCGISDFLNRYQENVDTDLQYLENLLTQISNSTSGTTIIVEHLIDSGKKPATSPQTAIDPMTQKSKTCW
#=GC SS_cons                 CCECEEE-CCCCCCCCCCCCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHS-SSTT--SS-HHHHHHHHHHCC
#=GC seq_cons                RFGSYCPTTCGIADFLSsYQssVDcDLQsLEsILpplEN+ToEAc-LIKuIQlsYsP--ss+PstI-uATpcSKKMl
//

Bạn sẽ nhận thấy rằng có rất nhiều thông tin chú thích ở đây, bao gồm các số gia nhập cho mỗi chuỗi và một số tài liệu tham khảo chéo cơ sở dữ liệu PDB và thông tin cấu trúc thứ cấp cho protein fibrinogen của con người và gà.

Tệp này chứa một căn chỉnh duy nhất, vì vậy chúng ta có thể sử dụng hàm

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

Alignment length 77
GFGTYCPTTCGVADYLQRYKPDMDKKLDDMEQDLEEIANLTRGAQDKVVYLK---DSEAQAQKQSPDTYIKKSSNML Q7ZVG7_BRARE/37-110
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQATVDKDLQTLEDILSQAENKTMEAKELVKAIQVSYLPEDPARPNRVELATKDSKKMM Q6X871_SCAAQ/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTGVXNDLRTLEDLLSGIENKTSEAKELIKSIQVSYNPNEPPKPNTIVSATKDSKKMM O02676_CROCR/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQGSIDKDLQTLEDILNQVENKTXEASELIKSIQVSYNPDEPPRPNMIEGATQKSKKML Q6X869_TENEC/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTKVDKDLQSLEDILHQVENKTSEVKQLIKAIQLTYNPDESSKPNMIDAATLKSRKML FIBG_HUMAN/40-116
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTXVDKDLQVLEDILNQAENKTSEAKELIKAIQVRYKPDEPTKPGGIDSATRESKKML O02689_TAPIN/1-77
RFGSYCPTMCGIAGFLSTYQNTVEKDLQNLEGILHQVENKTSEARELIKAIQISYNPEDLSKPDRIQSATKESKKML O02688_PIG/1-77
RFGSYCPTTCGVADFLSNYQTSVDKDLQNLEGILYQVENKTSEARELVKAIQISYNPDEPSKPNNIESATKNSKRMM O02672_9CETA/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSNYQTSVDKDLQDFEDILHRAENQTSEAEQLIQAIRTSYNPDEPPKTGRIDAATRESKKMM O02682_EQUPR/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTKVDEDLQNLEDILYRVENRTSEAKELIKAIQVDYNPGEPPKQSVTEGATQNAKKMV Q6X870_CYNVO/1-77
RFGSYCPTTCGISDFLNSYQTDVDTDLQTLENILQRAENRTTEAKELIKAIQVYYNPDQPPKPGMIEGATQKSKKMV FIBG_RAT/40-116
RFGSYCPTTCGIADFLNKYQTTIDQDLRHMEETLRDIDNKTAESTLLIQKIQIGQTPDPRPQ-NVIGDVTQKSRKMI Q6X866_DROAU/1-76
RFGSYCPTTCGIADFFNKYRLTTDGELLEIEGLLQQATNSTGSIEYLIQHIKTIYPSEKQTLPQSIEQLTQKSKKII O93568_CHICK/40-116
RFGEYCPTTCGISDFLNRYQENVDTDLQYLENLLTQISNSTSGTTIIVEHLIDSGKKPATSPQTAIDPMTQKSKTCW FIBG_XENLA/38-114

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

Điều đó sẽ cho:

Alignment length 77
GFGTYCPTTCGVADYLQRYKPDMDKKLDDMEQDLEEIANLTRGAQDKVVYLK---DSEAQAQKQSPDTYIKKSSNML Q7ZVG7_BRARE/37-110
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQATVDKDLQTLEDILSQAENKTMEAKELVKAIQVSYLPEDPARPNRVELATKDSKKMM Q6X871_SCAAQ/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTGVXNDLRTLEDLLSGIENKTSEAKELIKSIQVSYNPNEPPKPNTIVSATKDSKKMM O02676_CROCR/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQGSIDKDLQTLEDILNQVENKTXEASELIKSIQVSYNPDEPPRPNMIEGATQKSKKML Q6X869_TENEC/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTKVDKDLQSLEDILHQVENKTSEVKQLIKAIQLTYNPDESSKPNMIDAATLKSRKML FIBG_HUMAN/40-116
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTXVDKDLQVLEDILNQAENKTSEAKELIKAIQVRYKPDEPTKPGGIDSATRESKKML O02689_TAPIN/1-77
RFGSYCPTMCGIAGFLSTYQNTVEKDLQNLEGILHQVENKTSEARELIKAIQISYNPEDLSKPDRIQSATKESKKML O02688_PIG/1-77
RFGSYCPTTCGVADFLSNYQTSVDKDLQNLEGILYQVENKTSEARELVKAIQISYNPDEPSKPNNIESATKNSKRMM O02672_9CETA/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSNYQTSVDKDLQDFEDILHRAENQTSEAEQLIQAIRTSYNPDEPPKTGRIDAATRESKKMM O02682_EQUPR/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTKVDEDLQNLEDILYRVENRTSEAKELIKAIQVDYNPGEPPKQSVTEGATQNAKKMV Q6X870_CYNVO/1-77
RFGSYCPTTCGISDFLNSYQTDVDTDLQTLENILQRAENRTTEAKELIKAIQVYYNPDQPPKPGMIEGATQKSKKMV FIBG_RAT/40-116
RFGSYCPTTCGIADFLNKYQTTIDQDLRHMEETLRDIDNKTAESTLLIQKIQIGQTPDPRPQ-NVIGDVTQKSRKMI Q6X866_DROAU/1-76
RFGSYCPTTCGIADFFNKYRLTTDGELLEIEGLLQQATNSTGSIEYLIQHIKTIYPSEKQTLPQSIEQLTQKSKKII O93568_CHICK/40-116
RFGEYCPTTCGISDFLNRYQENVDTDLQYLENLLTQISNSTSGTTIIVEHLIDSGKKPATSPQTAIDPMTQKSKTCW FIBG_XENLA/38-114

Đầu ra căn chỉnh

Như trong Bio.Seqio, có một hàm đầu ra duy nhất

Alignment length 77
GFGTYCPTTCGVADYLQRYKPDMDKKLDDMEQDLEEIANLTRGAQDKVVYLK---DSEAQAQKQSPDTYIKKSSNML Q7ZVG7_BRARE/37-110
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQATVDKDLQTLEDILSQAENKTMEAKELVKAIQVSYLPEDPARPNRVELATKDSKKMM Q6X871_SCAAQ/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTGVXNDLRTLEDLLSGIENKTSEAKELIKSIQVSYNPNEPPKPNTIVSATKDSKKMM O02676_CROCR/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQGSIDKDLQTLEDILNQVENKTXEASELIKSIQVSYNPDEPPRPNMIEGATQKSKKML Q6X869_TENEC/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTKVDKDLQSLEDILHQVENKTSEVKQLIKAIQLTYNPDESSKPNMIDAATLKSRKML FIBG_HUMAN/40-116
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTXVDKDLQVLEDILNQAENKTSEAKELIKAIQVRYKPDEPTKPGGIDSATRESKKML O02689_TAPIN/1-77
RFGSYCPTMCGIAGFLSTYQNTVEKDLQNLEGILHQVENKTSEARELIKAIQISYNPEDLSKPDRIQSATKESKKML O02688_PIG/1-77
RFGSYCPTTCGVADFLSNYQTSVDKDLQNLEGILYQVENKTSEARELVKAIQISYNPDEPSKPNNIESATKNSKRMM O02672_9CETA/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSNYQTSVDKDLQDFEDILHRAENQTSEAEQLIQAIRTSYNPDEPPKTGRIDAATRESKKMM O02682_EQUPR/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTKVDEDLQNLEDILYRVENRTSEAKELIKAIQVDYNPGEPPKQSVTEGATQNAKKMV Q6X870_CYNVO/1-77
RFGSYCPTTCGISDFLNSYQTDVDTDLQTLENILQRAENRTTEAKELIKAIQVYYNPDQPPKPGMIEGATQKSKKMV FIBG_RAT/40-116
RFGSYCPTTCGIADFLNKYQTTIDQDLRHMEETLRDIDNKTAESTLLIQKIQIGQTPDPRPQ-NVIGDVTQKSRKMI Q6X866_DROAU/1-76
RFGSYCPTTCGIADFFNKYRLTTDGELLEIEGLLQQATNSTGSIEYLIQHIKTIYPSEKQTLPQSIEQLTQKSKKII O93568_CHICK/40-116
RFGEYCPTTCGISDFLNRYQENVDTDLQYLENLLTQISNSTSGTTIIVEHLIDSGKKPATSPQTAIDPMTQKSKTCW FIBG_XENLA/38-114

Bạn có thể sử dụng hàm

Alignment length 77
GFGTYCPTTCGVADYLQRYKPDMDKKLDDMEQDLEEIANLTRGAQDKVVYLK---DSEAQAQKQSPDTYIKKSSNML Q7ZVG7_BRARE/37-110
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQATVDKDLQTLEDILSQAENKTMEAKELVKAIQVSYLPEDPARPNRVELATKDSKKMM Q6X871_SCAAQ/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTGVXNDLRTLEDLLSGIENKTSEAKELIKSIQVSYNPNEPPKPNTIVSATKDSKKMM O02676_CROCR/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQGSIDKDLQTLEDILNQVENKTXEASELIKSIQVSYNPDEPPRPNMIEGATQKSKKML Q6X869_TENEC/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTKVDKDLQSLEDILHQVENKTSEVKQLIKAIQLTYNPDESSKPNMIDAATLKSRKML FIBG_HUMAN/40-116
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTXVDKDLQVLEDILNQAENKTSEAKELIKAIQVRYKPDEPTKPGGIDSATRESKKML O02689_TAPIN/1-77
RFGSYCPTMCGIAGFLSTYQNTVEKDLQNLEGILHQVENKTSEARELIKAIQISYNPEDLSKPDRIQSATKESKKML O02688_PIG/1-77
RFGSYCPTTCGVADFLSNYQTSVDKDLQNLEGILYQVENKTSEARELVKAIQISYNPDEPSKPNNIESATKNSKRMM O02672_9CETA/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSNYQTSVDKDLQDFEDILHRAENQTSEAEQLIQAIRTSYNPDEPPKTGRIDAATRESKKMM O02682_EQUPR/1-77
RFGSYCPTTCGIADFLSTYQTKVDEDLQNLEDILYRVENRTSEAKELIKAIQVDYNPGEPPKQSVTEGATQNAKKMV Q6X870_CYNVO/1-77
RFGSYCPTTCGISDFLNSYQTDVDTDLQTLENILQRAENRTTEAKELIKAIQVYYNPDQPPKPGMIEGATQKSKKMV FIBG_RAT/40-116
RFGSYCPTTCGIADFLNKYQTTIDQDLRHMEETLRDIDNKTAESTLLIQKIQIGQTPDPRPQ-NVIGDVTQKSRKMI Q6X866_DROAU/1-76
RFGSYCPTTCGIADFFNKYRLTTDGELLEIEGLLQQATNSTGSIEYLIQHIKTIYPSEKQTLPQSIEQLTQKSKKII O93568_CHICK/40-116
RFGEYCPTTCGISDFLNRYQENVDTDLQYLENLLTQISNSTSGTTIIVEHLIDSGKKPATSPQTAIDPMTQKSKTCW FIBG_XENLA/38-114

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

Hoặc sử dụng chuỗi F:

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

Vui lòng tham khảo Chương Bio.Alignio trong hướng dẫn để biết thêm chi tiết.

Chuyển đổi định dạng tệp

Giả sử bạn có một tệp chứa (các) căn chỉnh phylip mà bạn muốn chuyển đổi thành định dạng PFAM/Stockholm:

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read(open("PF09395_seed.sth"), "stockholm")
print("Alignment length %i" % alignment.get_alignment_length())
for record in alignment:
    print(record.seq + " " + record.id)

Bằng cách thay đổi chuỗi định dạng, mã đó có thể được sử dụng để chuyển đổi giữa bất kỳ định dạng tệp được hỗ trợ nào.

Làm cách nào để sắp xếp hai chuỗi Python?

Vì vậy, mục tiêu của bạn là thực hiện hai chuỗi và tìm sự liên kết với điểm số tối đa ....

Nếu có khoảng cách, thì điểm -= 1 ..

Nếu không, nếu các phần tử giống nhau, thì điểm += 1 ..

Nếu không, nếu các yếu tố khác nhau, thì điểm -= 1 ..

Làm thế nào để bạn thực hiện nhiều chuỗi liên tục?

Tạo một căn chỉnh nhiều chuỗi...

Liệt kê các tính năng quan tâm và chọn chúng ..

Gọi công cụ căn chỉnh nhiều chuỗi ..

Chọn nucleotide hoặc axit amin ..

Xử lý kết quả ..

Công cụ nào là tốt nhất cho căn chỉnh nhiều chuỗi?

Opal.Mô tả: Một công cụ để căn chỉnh nhiều chuỗi (MSA) bằng cách sử dụng "chiến lược hình thành và màu sắc."Các tác giả tuyên bố opal là chính xác hơn cơ bắp và tương tự như cơ bắp trên sự liên kết trình tự protein và có độ chính xác tương tự như MAFFT và cơ bắp trên sự sắp xếp trình tự DNA.. Description : A tool for multiple sequence alignment (MSA) using "form-and-polish strategy." The Authors claim OPAL to be more accurate than Muscle and similar to Muscle on protein sequence alignment and have similar accuracy as MAFFT and Muscle on DNA sequence alignments.. Description : A tool for multiple sequence alignment (MSA) using "form-and-polish strategy." The Authors claim OPAL to be more accurate than Muscle and similar to Muscle on protein sequence alignment and have similar accuracy as MAFFT and Muscle on DNA sequence alignments.

Thuật toán nào được sử dụng để căn chỉnh nhiều chuỗi?

Thuật toán Kalign tuân theo một chiến lược tương tự với phương pháp tiến bộ tiêu chuẩn để căn chỉnh trình tự [21].Khoảng cách theo cặp được tính toán, một cây hướng dẫn được xây dựng và các chuỗi/cấu hình được căn chỉnh theo thứ tự được đưa ra bởi cây. follows a strategy analogous to the standard progressive method for sequence alignment [21]. Pairwise distances are calculated, a guide tree is constructed and sequences/profiles are aligned in the order given by the tree. follows a strategy analogous to the standard progressive method for sequence alignment [21]. Pairwise distances are calculated, a guide tree is constructed and sequences/profiles are aligned in the order given by the tree.