Sau khi cài đặt gói, bạn có thể xác nhận rằng gói đã được cài đặt đúng cách bằng cách mở Jupyter Notebook trong môi trường đó, nhập gói và hiển thị văn bản trợ giúp của gói. Trong ví dụ này, chúng tôi sẽ sử dụng gói BioPython
Nội dung chính Hiển thị
- Những thứ khác
- Làm cách nào để cài đặt Biopython trong Anaconda?
- Làm cách nào để biết Biopython đã được cài đặt chưa?
- Làm cách nào để cài đặt mô-đun sinh học trong Python?
- Anaconda có Biopython không?
Bắt đầu điều hướng .
Để cài đặt gói BioPython, hãy làm theo hướng dẫn trong Quản lý gói .
Nhấp vào biểu tượng để mở Jupyter Notebook
Trong Jupyter Notebook, nhấp vào nút Mới và chọn phiên bản Python đã cài đặt của bạn
Sao chép và dán đoạn mã sau vào ô đầu tiên
Để chạy mã, trong thanh menu, nhấp vào Ô rồi chọn Chạy ô hoặc sử dụng phím tắt Ctrl-Enter
Văn bản trợ giúp BioPython được hiển thị
Tôi đang cố cài đặt biopython trong Jupyter Notebook, Anaconda, Ubuntu 16. 04. Tôi làm theo quy trình trên trang web biopython và nó chạy trên python
Python 3.6.8 |Anaconda, Inc.| [default, Dec 30 2018, 01:22:34]
[GCC 7.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import Bio
>>>
Tuy nhiên, nó không hoạt động trên Jupyter Notebook
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError Traceback [most recent call last]
in []
1 # biopython testing
----> 2 from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
ModuleNotFoundError: No module named 'Bio'
conda list cũng như cách cài đặt biopython
biopython 1.72 py36h04863e7_0 anaconda
blas 1.0 mkl anaconda
ca-certificates 2019.1.23 0
certifi 2019.3.9 py36_0
intel-openmp 2019.3 199 anaconda
libedit 3.1.20181209 hc058e9b_0
libffi 3.2.1 hd88cf55_4
libgcc-ng 8.2.0 hdf63c60_1
libgfortran-ng 7.3.0 hdf63c60_0 anaconda
libstdcxx-ng 8.2.0 hdf63c60_1
mkl 2019.3 199 anaconda
mkl_fft 1.0.10 py36ha843d7b_0 anaconda
mkl_random 1.0.2 py36hd81dba3_0 anaconda
ncurses 6.1 he6710b0_1
numpy 1.16.2 py36h7e9f1db_0 anaconda
numpy-base 1.16.2 py36hde5b4d6_0 anaconda
openssl 1.1.1b h7b6447c_1
pip 19.0.3 py36_0
python 3.6.8 h0371630_0
readline 7.0 h7b6447c_5
setuptools 40.8.0 py36_0
sqlite 3.27.2 h7b6447c_0
tk 8.6.8 hbc83047_0
wheel 0.33.1 py36_0
xz 5.2.4 h24c3975_4
zlib 1.2.11 h7b6447c_3
Có bất kỳ lý do tại sao nó không hoạt động?
Bài cuối cùng trong loạt bài Cấu trúc Protein đã kết thúc với
“Trong bài tiếp theo, tôi sẽ sử dụng Biopython để nhập một cấu trúc và thực hiện một số tính toán khá cơ bản”
Trong bài viết này tôi sẽ nhặt từ đó
Mặc dù có nhiều cách để một người có thể sử dụng Biopython, tôi sẽ sử dụng nó thông qua Jupyter Notebook. Vì vậy, yêu cầu đầu tiên của doanh nghiệp là thiết lập nó để sử dụng Python. Các hướng dẫn để thực hiện việc này đã được đăng trước đó trong “Thiết lập Python“
Vì vậy, giả sử bạn đã thiết lập và chạy Python trong Jupyter Notebook, chúng tôi sẽ bắt đầu bằng cách nhập biopython. Để làm điều này gõ lệnh
import Bio
Bạn sẽ viết cái này vào ô có sẵn [gọi là ô] và khi viết xong lệnh, bạn sẽ chạy nó bằng cách nhấn tổ hợp phím Cntrl + Enter. Dấu ngoặc vuông bên cạnh ô [ ] hiển thị ký hiệu dấu hoa thị [*] cho biết lệnh đang chạy. Khi lệnh trong ô xử lý xong, nó sẽ hiển thị một số
Trong Jupyter Notebook, bạn luôn có thể chạy lại một ô, nhưng trong trường hợp đó, số trong dấu ngoặc vuông sẽ vẫn được cập nhật
Tuy nhiên trong trường hợp này, rất có thể bạn sẽ nhận được thông báo lỗi nói rằng mô-đun bạn vừa thử tải không khả dụng [Hình 1]
Hình 1. Thông báo lỗi khi cố tải Biopython. Đây là một thông báo lỗi điển hình khi cố tải một mô-đun chưa được cài đặt hoặc đã được cài đặt nhưng không hiển thị với Python
Điều này là do bạn vừa thực hiện cài đặt “MỚI” và do đó không có gì khác ngoài những gì bạn đã cài đặt có sẵn. Biopython không được bao bọc trong bản cài đặt này, đó là lý do tại sao bạn sẽ nhận được thông báo này. Nếu vì lý do nào đó mà bạn không cài đặt, bạn có thể bỏ qua bước tiếp theo, nơi tôi hướng dẫn cách cài đặt Biopython
Để cài đặt biopython, hãy nhập một ô
!conda install --yes biopython
và nhấn Ctrl + Enter để chạy lệnh. Mỗi ô cũng có thể có nhiều lệnh. Quá trình cài đặt này có thể rất nhanh hoặc mất nhiều thời gian tùy thuộc vào kết nối internet và tốc độ máy tính của bạn
Đảm bảo quá trình thành công. Bạn sẽ thấy và xuất ra như trong Hình 2 nếu mọi thứ diễn ra theo đúng kế hoạch. Tôi không thể nhận xét về loại lỗi có thể xảy ra, vì vậy nếu bạn gặp khó khăn khi cài đặt, vui lòng liên hệ [hoặc sử dụng trang Facebook để gửi tin nhắn cho tôi]
Hình 2. Cài đặt thành công Biopython bằng conda trong Jupyter Notebook
Tại thời điểm này, bạn đã cài đặt thành công Biopython và hiện đã sẵn sàng để sử dụng nó
Những thứ khác
Mặc dù tôi đã chỉ ra cách cài đặt Biopython và tải nó, nhưng chúng tôi cũng sẽ sử dụng nhiều mô-đun khác. May mắn thay, nhiều mô-đun này sẽ được cài đặt theo mặc định với Python. Chúng tôi sẽ sử dụng chúng thường xuyên. Như một ví dụ, hãy thử và tìm ra thứ gì đó
Ví dụ: giả sử một tình huống mà bạn muốn nhập tệp dữ liệu nằm trên ổ cứng máy tính của bạn tại một vị trí nhất định. Trước khi bạn có thể nhập nó, bạn phải có thể “đặt đường dẫn” cho tệp đó. Có nhiều cách khác nhau để làm điều này. Cách tôi sẽ làm điều này là mỗi khi chúng tôi sử dụng Python, chúng tôi sẽ tạo một “Thư mục làm việc” và giữ tất cả các tệp cần thiết cho một dự án trong thư mục đó. Điều này sẽ hạn chế việc phải thay đổi đường dẫn
Hãy xem xét một ví dụ để làm rõ điều này. Để phát hiện đường dẫn trong Python, bạn sẽ cần một mô-đun có tên là “os”. Bạn sẽ tải mô-đun này bằng cách sử dụng
import os
Điều này tốt, bởi vì khi bạn nhập một mô-đun, tất cả các chức năng trong mô-đun đó sẽ khả dụng. Khi bạn tải mô-đun “os”, chức năng “getcwd” sẽ khả dụng để sử dụng. Để sử dụng loại phương thức này
print os.getcwd[]
trong đó “os” là mô-đun và “getcwd[]” là một phương thức của mô-đun đó mà bạn sẽ truy cập thông qua việc sử dụng “dấu chấm”. Lệnh os. lệnh getcwd[] sẽ cho bạn biết vị trí hiện tại có sẵn cho Python. Hãy nhớ rằng nếu bạn tạo một tệp và muốn đọc tệp, thì đây là vị trí Python đang xem. Bạn phải đặt các tệp của mình ở vị trí này. Nếu bạn không muốn sử dụng vị trí này, bạn có thể thay đổi nó. Để thay đổi đường dẫn, bạn có thể sử dụng một phương thức khác gọi là “chdir[new_path]”. Phương thức này lấy đầu vào của nó [đầu vào là giá trị bạn sẽ chuyển vào trong dấu ngoặc, tôi. e. bằng cách thay thế chuỗi new_path] đường dẫn mới mà bạn muốn sử dụng. Xem Hình 3
Hình 3. Ô đầu tiên hiển thị cách tải mô-đun “os” để sử dụng các phương thức có sẵn trong đó. Ô thứ hai sử dụng “os. getcwd[]” để tìm vị trí hiện tại hiển thị với Python. Vì tôi đang sử dụng Linux và cách Jupyter được thiết lập trên máy tính của tôi nên nó trỏ đến nhà người dùng của tôi, đó là '/home/proteinmechanic/'. Trên máy tính của bạn, đường dẫn này sẽ khác. Nếu bạn đang dùng windows, nó cũng sẽ bao gồm ký tự ổ đĩa của bạn [e. g. C. \]. Trong ô tiếp theo, “os. chdir[path]” được sử dụng, trong đó đường dẫn là đường dẫn đầy đủ của vị trí mới. Một lần nữa, tôi đã chọn một cái gì đó trên máy tính của mình. Bạn sẽ chọn bất cứ điều gì thuận tiện cho bạn. Sau khi chạy “os. lệnh chdir[path]”, chúng ta có thể kiểm tra xem đường dẫn có thực sự bị thay đổi hay không. Đầu ra từ “os. getcwd[]” cho biết đường dẫn hiện đã được cập nhật
Loạt bài này không phải là “Học Python” mà chỉ là trang bị đủ kiến thức để nó hoạt động và làm những gì bạn muốn nó làm. Vì vậy, tôi sẽ kết thúc bài viết này ở đây. Trong bài đăng tiếp theo, chúng tôi sẽ bắt đầu từ đây và bắt đầu sử dụng các cấu trúc PDB mà chúng tôi sẽ nhập từ một vị trí nhất định và xử lý để nhận phân tích
Để bạn có thể theo dõi các bài tiếp theo một cách thuận lợi, hãy đảm bảo làm theo hướng dẫn trong các bài viết trước và hiện tại. Nếu bạn gặp bất kỳ khó khăn nào, vui lòng liên hệ với tôi qua trang Facebook IDRACK
Làm cách nào để cài đặt Biopython trong Anaconda?
Cài đặt Anaconda Navigator, đi đến " Môi trường " và chọn môi trường thích hợp [cơ sở hoặc của riêng bạn] và nhấp vào " chưa cài đặt ". Cuộn xuống biopython nhấp vào hộp và sau đó cài đặt