Hướng dẫn biopython github - biopython github
Dự án Biopython là một hiệp hội quốc tế gồm các nhà phát triển các công cụ Python có sẵn miễn phí cho sinh học phân tử tính toán. Tài liệu tập trung vào người dùng của chúng tôi được lưu trữ trên https://biopython.org bao gồm tài liệu API của chúng tôi và hướng dẫn và sách dạy nấu ăn chính của chúng tôi (PDF). Tệp README này chủ yếu dành cho những người quan tâm đến việc làm việc với mã nguồn Biopython, một trong những bản phát hành từ trang web http://biopython.org hoặc từ kho lưu trữ của chúng tôi trên GitHub https://github.com/biopython/biopy Tệp tin tức tóm tắt những thay đổi trong mỗi bản phát hành Biopython. Gói Biopython là phần mềm nguồn mở được cung cấp theo các điều khoản hào phóng. Vui lòng xem tập tin giấy phép để biết thêm chi tiết. Nếu bạn sử dụng Biopython trong công việc đóng góp cho một ấn phẩm khoa học, chúng tôi yêu cầu bạn trích dẫn ghi chú ứng dụng của chúng tôi (bên dưới) hoặc một trong các ấn phẩm cụ thể của mô -đun (được liệt kê trên trang web của chúng tôi): Cock, P.J.A. et al. Biopython: Các công cụ Python có sẵn miễn phí cho sinh học phân tử tính toán và tin sinh học. Tin sinh học 2009 ngày 1 tháng 6; 25 (11) 1422-3 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/BTP163 PMID: 19304878 Python bao gồm hệ thống quản lý gói "PIP" cho phép bạn cài đặt Biopython (và sự phụ thuộc của nó nếu cần), nâng cấp hoặc gỡ cài đặt chỉ bằng một lệnh đầu cuối: Kể từ Biopython 1.70, chúng tôi đã cung cấp các gói bánh xe nhị phân được biên dịch sẵn trên PYPI cho Linux, Mac OS X và Windows. Điều này có nghĩa là cài đặt PIP phải nhanh chóng và không yêu cầu trình biên dịch. Là nhà phát triển hoặc người đóng góp tiềm năng, bạn có thể muốn tải xuống, xây dựng và tự cài đặt Biopython. Điều này được mô tả dưới đây. Yêu cầu PythonChúng tôi hiện khuyên bạn nên sử dụng Python 3.9 từ http://www.python.org Biopython hiện đang được hỗ trợ và thử nghiệm về các triển khai Python sau:
Phụ thuộc tùy chọnBiopython yêu cầu Numpy (xem http://www.numpy.org) sẽ được cài đặt tự động nếu bạn cài đặt Biopython với PIP (xem bên dưới để tự biên dịch Biopython). Tùy thuộc vào phần nào của Biopython bạn dự định sử dụng, có một số phụ thuộc Python tùy chọn khác, có thể được cài đặt sau nếu cần:
Ngoài ra, có một số công cụ của bên thứ ba hữu ích mà bạn có thể muốn cài đặt như NCBI Blast độc lập, dập nổi hoặc clustalw. Cài đặt từ nguồnChúng tôi khuyên bạn nên sử dụng các bánh xe nhị phân được biên dịch sẵn có sẵn trên PYPI bằng cách sử dụng: pip install biopython Tuy nhiên, nếu bạn cần tự biên dịch Biopython, những điều sau đây được yêu cầu tại thời điểm biên dịch:
Sau đó tải xuống và giải nén mã nguồn của chúng tôi hoặc tìm nạp nó bằng Git. Bây giờ thay đổi thư mục thành thư mục mã nguồn Biopython và chạy: python setup.py build python setup.py test sudo python setup.py install Thay thế pip install biopython8 bằng phiên bản cụ thể của bạn nếu được yêu cầu, ví dụ xcode-select --install0 hoặc xcode-select --install1. Để loại trừ các thử nghiệm yêu cầu kết nối Internet (và có thể mất nhiều thời gian), hãy sử dụng tùy chọn xcode-select --install2: python setup.py test --offline Nếu bạn cần thực hiện cấu hình bổ sung, ví dụ: Thay đổi tiền tố thư mục cài đặt, vui lòng nhập xcode-select --install3. Kiểm traBiopython bao gồm một bộ kiểm tra hồi quy để kiểm tra xem mọi thứ có chạy chính xác không. Để chạy các bài kiểm tra, hãy truy cập thư mục mã nguồn Biopython và loại: python setup.py build python setup.py test Nếu bạn muốn bỏ qua các bài kiểm tra trực tuyến (được khuyến nghị khi thực hiện thử nghiệm lặp đi lặp lại), hãy sử dụng: python setup.py test --offline Không hoảng sợ nếu bạn thấy cảnh báo tin nhắn của các bài kiểm tra bị bỏ qua: test_DocSQL ... skipping. Install MySQLdb if you want to use Bio.DocSQL. Điều này rất có thể có nghĩa là một gói không được cài đặt. Bạn có thể bỏ qua điều này nếu nó xảy ra trong các thử nghiệm cho một mô -đun mà bạn không có kế hoạch sử dụng. Nếu bạn muốn sử dụng mô-đun đó, vui lòng cài đặt phụ thuộc cần thiết và chạy lại các bài kiểm tra. Một số thử nghiệm có thể thất bại do các vấn đề về mạng, điều này thường giảm do cơ hội hoặc mất điện dịch vụ. Nếu sự cố không biến mất khi chạy lại các bài kiểm tra, bạn có thể sử dụng tùy chọn xcode-select --install2. Có nhiều thông tin thử nghiệm trong cuốn sách hướng dẫn & nấu ăn Biopython. Mã thử nghiệmBiopython 1.61 đã đưa ra một cảnh báo mới, xcode-select --install5, được sử dụng để đánh dấu bất kỳ mã thử nghiệm nào có trong các bản phát hành Biopython ổn định khác. Mã mức 'beta' như vậy đã sẵn sàng để thử nghiệm rộng hơn, nhưng vẫn có khả năng thay đổi và chỉ nên được thử bởi những người chấp nhận sớm để đưa ra phản hồi thông qua danh sách gửi thư Biopython-Dev. Chúng tôi hy vọng mã thử nghiệm như vậy sẽ đạt được trạng thái ổn định trong một hoặc hai bản phát hành, tại thời điểm đó, các chính sách thông thường của chúng tôi về việc cố gắng duy trì khả năng tương thích ngược sẽ được áp dụng. LỗiTrong khi chúng tôi cố gắng vận chuyển một gói mạnh mẽ, các lỗi chắc chắn sẽ bật lên. Nếu bạn đang gặp vấn đề có thể gây ra bởi một lỗi trong Biopython, có thể nó đã được xác định. Cập nhật bản phát hành mới nhất nếu bạn chưa sử dụng nó và thử lại. Nếu sự cố vẫn còn, vui lòng tìm kiếm cơ sở dữ liệu lỗi của chúng tôi và danh sách gửi thư của chúng tôi để xem nó đã được báo cáo (và hy vọng đã được sửa), và nếu không xin vui lòng báo cáo lỗi. Chúng tôi không thể khắc phục sự cố mà chúng tôi không biết;) Trình theo dõi vấn đề: https://github.com/biopython/biopython/issues Nếu bạn nghi ngờ vấn đề nằm trong trình phân tích cú pháp, có khả năng định dạng dữ liệu đã thay đổi và phá vỡ mã phân tích cú pháp. . Bạn có thể nhận được trình phân tích cú pháp gần đây nhất bằng cách rút các tệp có liên quan (ví dụ: các tệp trong xcode-select --install6 hoặc xcode-select --install7) từ kho lưu trữ Git của chúng tôi. Tuy nhiên, hãy cẩn thận khi làm điều này, bởi vì mã trong GitHub không được thử nghiệm tốt như mã được phát hành và có thể chứa các phụ thuộc mới. Trong bất kỳ báo cáo lỗi nào, vui lòng cho chúng tôi biết:
Và cũng lý tưởng:
Đóng góp, báo cáo lỗiBiopython được điều hành bởi các tình nguyện viên từ khắp nơi trên thế giới, với nhiều loại hình. Chúng tôi luôn tìm kiếm những người quan tâm đến việc giúp phát triển mã, quản lý trang web, viết tài liệu, quản trị kỹ thuật và bất cứ điều gì khác xuất hiện. Nếu bạn muốn đóng góp, vui lòng đọc Đóng góp trước đây, hãy truy cập trang web của chúng tôi http://biopython.org và tham gia danh sách gửi thư của chúng tôi: http://biopython.org/wiki/mailing_lists Cấu trúc phân phối
|