Hướng dẫn pairwise2 biopython - pairwise2 biopython
|
Căn chỉnh trình tự theo cặp bằng thuật toán lập trình động. Điều này cung cấp các chức năng để có được sự sắp xếp toàn cầu và địa phương giữa hai chuỗi. Một sự liên kết toàn cầu tìm thấy sự phù hợp tốt nhất giữa tất cả các ký tự trong hai chuỗi. Một căn chỉnh địa phương chỉ tìm thấy các chuỗi đôi phù hợp nhất. Căn chỉnh địa phương phải có điểm số dương để được báo cáo và chúng sẽ không được mở rộng cho các trận đấu đếm bằng 0. Điều này có nghĩa là một căn chỉnh cục bộ sẽ luôn bắt đầu và kết thúc với một trận đấu đếm tích cực. Khi thực hiện căn chỉnh, bạn có thể chỉ định điểm số trận đấu và hình phạt khoảng cách. Điểm trận đấu cho thấy khả năng tương thích giữa sự liên kết của hai ký tự trong chuỗi. Các ký tự tương thích cao nên được ghi điểm tích cực và các ký tự không tương thích nên được ghi điểm âm hoặc 0. Các hình phạt khoảng cách nên âm. Tên của các chức năng căn chỉnh trong mô -đun này theo quy ước XX trong đó là toàn cầu trên toàn cầu hoặc địa phương và XX là mã 2 ký tự cho biết các tham số cần thiết. Ký tự đầu tiên chỉ ra các tham số cho các trận đấu (và không phù hợp) và thứ hai chỉ ra các tham số cho các hình phạt khoảng cách. Các tham số khớp là: Các tham số hình phạt khoảng cách là: CODE DESCRIPTION x No gap penalties. s Same open and extend gap penalties for both sequences. d The sequences have different open and extend gap penalties. c A callback function returns the gap penalties. Tất cả các hàm căn chỉnh khác nhau được chứa trong một đối tượng CODE DESCRIPTION x No gap penalties. s Same open and extend gap penalties for both sequences. d The sequences have different open and extend gap penalties. c A callback function returns the gap penalties.2. Ví dụ: >>> from Bio import pairwise2 >>> alignments = pairwise2.align.globalxx("ACCGT", "ACG") sẽ trả lại một danh sách các sự sắp xếp giữa hai chuỗi. Để có bản in đẹp, hãy sử dụng phương thức CODE DESCRIPTION x No gap penalties. s Same open and extend gap penalties for both sequences. d The sequences have different open and extend gap penalties. c A callback function returns the gap penalties.3 của mô -đun: >>> from Bio.pairwise2 import format_alignment >>> print(format_alignment(*alignments[0])) ACCGT | || A-CG- Score=3 Tất cả các chức năng căn chỉnh đều có các đối số sau:
Các tham số khác của hàm căn chỉnh phụ thuộc vào hàm được gọi. Vài ví dụ:
Để xem mô tả về các tham số cho một hàm, vui lòng xem tài liệu cho hàm thông qua hàm trợ giúp, ví dụ: Loại >>> from Bio import pairwise2 >>> alignments = pairwise2.align.globalxx("ACCGT", "ACG")9 tại dấu nhắc Python. Lớp ________ 30 ________ 31 (khớp = 1, không phù hợp = 0) ¶(match=1, mismatch=0)¶ Cơ sở: >>> from Bio.pairwise2 import format_alignment >>> print(format_alignment(*alignments[0])) ACCGT | || A-CG- Score=32 Tạo một hàm khớp để sử dụng trong một căn chỉnh. Trận đấu và không phù hợp là điểm số để cung cấp khi hai dư lượng bằng hoặc không bằng nhau. Theo mặc định, khớp là 1 và không phù hợp là 0. ________ 33 (tự, khớp = 1, không khớp = 0) ¶(self, match=1, mismatch=0)¶Khởi tạo lớp. ________ 34 (Tự, Chara, Charb) ¶(self, charA, charB)¶Gọi một thể hiện hàm khớp đã được tạo. Lớp ________ 30 ________ 36 (SCORE_DICT, SOMMETRIC = 1) ¶(score_dict, symmetric=1)¶Cơ sở: >>> from Bio.pairwise2 import format_alignment >>> print(format_alignment(*alignments[0])) ACCGT | || A-CG- Score=32 Tạo một hàm khớp để sử dụng trong một căn chỉnh. Attributes:
Khởi tạo lớp. ________ 34 (Tự, Chara, Charb) ¶(self, charA, charB)¶Gọi một thể hiện hàm khớp đã được tạo. Lớp ________ 30 ________ 36 (SCORE_DICT, SOMMETRIC = 1) ¶(open, extend, penalize_extend_when_opening=0)¶Cơ sở: >>> from Bio.pairwise2 import format_alignment >>> print(format_alignment(*alignments[0])) ACCGT | || A-CG- Score=32 Tạo một hàm khớp để sử dụng trong một căn chỉnh. SCORE_DICT - Một từ điển trong đó các khóa là bộ đếm (dư lượng 1, dư lượng 2) và các giá trị là điểm số khớp giữa các dư lượng đó.(self, open, extend, penalize_extend_when_opening=0)¶Khởi tạo lớp. Symmetric - Một lá cờ cho biết liệu điểm số có đối xứng hay không.(self, index, length)¶________ 33 (self, scorce_dict, symmetric = 1) ¶ Gọi một thể hiện kết hợp từ điển đã được tạo.(length, open, extend, penalize_extend_when_opening)¶Lớp ________ 30 ________ 41 (mở, mở rộng, penize_extend_when_opening = 0) ¶ Tạo một hàm khoảng cách để sử dụng trong một căn chỉnh.(matrix)¶________ 33 (tự, mở, mở rộng, penize_extend_when_opening = 0) ¶ ________ 34 (tự, chỉ mục, chiều dài) ¶(align1, align2, score, begin, end, full_sequences=False)¶Gọi một thể hiện chức năng khoảng cách đã được tạo. ________ 30 ________ 46 (chiều dài, mở, mở rộng, penize_extend_when_opening) ¶ Tính điểm số tiền phạt cho hàm GAP. ________ 30 ________ 48 (ma trận) ¶ In ra một ma trận cho mục đích gỡ lỗi. ________ 30 ________ 50 (Align1, Align2, SCORE, BẮT ĐẦU, END, FULL_STERENS = FALSE) ¶ Định dạng căn chỉnh một cách đẹp đẽ thành một chuỗi. |
